Pada kepengurusan tahun 2022, Madrasah Qur’an Center memiliki struktur kepengurusan sebagai berikut.
Madrasah Qur’an Center terdiri dari inti yang meliputi Kepala , Wakil Kepala, dan Bendahara Umum, di bawahi direktur Al Hidayah Tafizh Center yaitu Ustadz Muallif Kutub dan para pengajar yang sudah ahli di bidangnya